Über die Forschungsabteilung ist derzeit noch nicht viel bekannt. Chefwissenschaftler des Marinehauptquartiers ist Dr. Vegapunk, das "Genie der Regierung". Unter seiner Leitung erforscht sie zum Beispiel Seesteine oder Teufelsfrüchte um ihre Wirkung zu studieren. Außerdem entwickelt die Forschungsabteilung die neusten Technologien, welche der normalen Bevölkerung rund 500 Jahre voraus sind.
Hier werden unter anderem Pacifistas gebaut, Waffen produziert und weitere Forschingsarbeiten betrieben.